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BCM-2003-C
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2008-04-08
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Question #482
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Bonjour,
Est-il normal que la recherche avec MASCOT prenne plusieurs heures? Le calcul est toujours en cours (46%) depuis presque 2 heures?
Pour les modifications j'ai sélectionné Carbaminomethyl, Deamidation, Phospho (STY) et Oxydation M et Oxydation HW.
Merci
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Réponse
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La recherche est effectivement longue, entre 4744 et 12205 secondes pour le moment en fonction de l'occupation du cluster et avec l'usage des paramètres de recherche suivant:
Enzyme : Trypsin
Variable modifications : Carbamidomethyl (C),Deamidation (NQ),Oxidation (M),Phospho (STY)
Mass values : Monoisotopic
Protein Mass : Unrestricted
Peptide Mass Tolerance : ± 0.1 Da
Fragment Mass Tolerance: ± 0.5 Da
Max Missed Cleavages : 1
Instrument type : ESI-TRAP
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| Informations |
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