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Sélection actuelle : BCM-2003-C

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BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08
Question
#482
Bonjour,

Est-il normal que la recherche avec MASCOT prenne plusieurs heures? Le calcul est toujours en cours (46%) depuis presque 2 heures?

Pour les modifications j'ai sélectionné Carbaminomethyl, Deamidation, Phospho (STY) et Oxydation M et Oxydation HW.

Merci


Réponse La recherche est effectivement longue, entre 4744 et 12205 secondes pour le moment en fonction de l'occupation du cluster et avec l'usage des paramètres de recherche suivant:


Enzyme : Trypsin
Variable modifications : Carbamidomethyl (C),Deamidation (NQ),Oxidation (M),Phospho (STY)
Mass values : Monoisotopic
Protein Mass : Unrestricted
Peptide Mass Tolerance : ± 0.1 Da
Fragment Mass Tolerance: ± 0.5 Da
Max Missed Cleavages : 1
Instrument type : ESI-TRAP



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