Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondu par : Mathieu Courcelles
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2008-04-08 |
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Bonjour,
Est-il normal que la recherche avec MASCOT prenne plusieurs heures? Le calcul est toujours en cours (46%) depuis presque 2 heures? Pour les modifications j'ai sélectionné Carbaminomethyl, Deamidation, Phospho (STY) et Oxydation M et Oxydation HW. Merci |
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La recherche est effectivement longue, entre 4744 et 12205 secondes pour le moment en fonction de l'occupation du cluster et avec l'usage des paramètres de recherche suivant:
Enzyme : Trypsin Variable modifications : Carbamidomethyl (C),Deamidation (NQ),Oxidation (M),Phospho (STY) Mass values : Monoisotopic Protein Mass : Unrestricted Peptide Mass Tolerance : ± 0.1 Da Fragment Mass Tolerance: ± 0.5 Da Max Missed Cleavages : 1 Instrument type : ESI-TRAP |
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