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Sélection actuelle : Toutes les sections
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BCM-1503
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Envoyée par : Mianda Pamela Dibula
Répondue par : Marieke Rozendaal
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2010-01-27
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Question
#528
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Bonjour, ma question porte sur la mesure de la diversité génétique.
J'aimerais savoir comment déterminer l'effectif et la fréquence des trois génotypes AA, Aa et aa
Merci  |
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Question consultée 5239 fois. | 4206 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-B
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Envoyée par : zina
Répondue par : Louis-Philippe Lemieux-Perreault
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2009-12-15
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Question
#527
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Pouvez vous m'aider pour bien comprendre la technique de cartographie par la nucléase S1 ou ce qu'on appelle le S1 mapping? merci bien |
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BCM-2504
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Envoyée par : Elodie HIP-KI
Répondue par : Mathieu Vernier
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2009-04-22
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Question
#526
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Bonjour,
j'ai plusieurs questions concernant la derniere partie sur la regulation enzymatique:
dans le chapitre sur l'allostérie et la cooperativité:
-p16: je ne vois pas le rapport entre la coopérativité et L' = (L(1+beta)^n)/((1+gamma)^n)
- est-ce que la liaison d'un inhibiteur peut etre une forme de cooperativité negative?
dans le chapitre sur la régulation de voies métaboliques:
- p3: quelle est l'utilité de multiplier par vf/vf?
dans le chapitre sur l'analyse du controle metabolique:
- p3: je ne comprends pas l'utilisation de l'équation Cei = dlnJ/dln[ei]
merci beaucoup
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Question consultée 5466 fois. | 4265 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-C
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Envoyée par : A. Nom Nîmes
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2009-04-08
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Question
#525
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Bonsoir,
À quelle genre de variance devrions-nous nous attendre entre deux fichiers de résultats provenant du même fichier d'origine (phospho-large.mgf)?
En d'autres mots, si par hasard un certain esprit de collaboration étudiante faisait en sorte qu'on remarquait des différences considérables entre les nombres de phosphoprotéines (et de phosphopeptides) et que cette différence n'était pas due à des différences au niveau des manipulations, qu'en diriez-vous?
Mascot emploie un modèle probabiliste, donc j'en déduit que la propriété de non reproductibilité est attendue, mais avec une variance de quel ordre?
Merci,
Anonyme |
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BCM-2003-C
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2009-04-08
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Question
#524
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À quoi correspond la liste de "Unassigned Peptides" à la fin du rapport de MASCOT ?
Faut-il ignorer ces résultats dans notre analyse ?
Merci |
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Question consultée 5427 fois. | 4339 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-C
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Envoyée par : Patrick
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2009-04-08
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Question
#523
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Bonjour !
La question est en rapport avec le devoir 3b. Se serait pour savoir si c'était possible d'avoir des précisions sur la formule pour calculer le nombre de faux positifs. Effectivement, de ce que j'ai compris nou obtenons pour la liste de peptide un certain nombre de séquences ( ex : ALSNLSAKD ) qui sera égale au total hit. Pour ce qui est du decoy hits, je pense qu'en classe nous avions parlé à ce moment d'utiliser les r-IPI. Par contre cela correspondrait plus aux protéines qu'aux peptides et je suis donc un peu perdu.
Merci ! |
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BCM-2003-A
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Jean-Christophe Grenier
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2009-04-08
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Question
#522
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bonjour,
toujours cencernant le devoir 3b, je ne comprend pas quand tu dis d'associer les motifs aux kinases de la litterature, faut-il juste regarder le motif et predire la kinase associer? Pourrais- tu donner quelques explications?
Merci d'avance. |
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Question consultée 5565 fois. | 4402 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-C
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2009-04-08
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Question
#521
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Salut Mathieu,
est-ce tu pourrais nous fournir la commande pour rechercher les score >=25?
Pour le taux de faux positif, devons multiplie par 2 comme dans le formule que tu nous a montre au tp?
Merci |
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Question consultée 5425 fois. | 4306 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-C
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Envoyée par : Marc-Frédérick
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2009-03-26
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Question
#520
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Au sujet du devoir 3a,
avec l'échelle en abscisse des spectres, on ne peut pas nécessairement identifier les derniers acides aminés de nos séquence. Par contre, en comparant à la séquence de protéine fournie, on identifie les AAs qui manquent.
Lorsqu'on doit surligner nos séquences, doit-on surligner la séquence complète ou seulement les AAs identifiable sur les spectres ?
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Question consultée 5320 fois. | 4209 votes, Moyenne 3/5.0 |
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BCM-2003-B
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Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondue par : Louis-Philippe Lemieux-Perreault
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2009-03-02
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Question
#519
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Bonjour,
pour le devoir#2b deuxième partie. est ce qu'il ya des fichiers précis des résultats MEV qui doivent être fournis?
pour le devoir #2b troisième partie, je ne voit pas ce qu'il faut faire quand tu demande de faire une analyse de surreprésentation EASE.
Merci |
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Question consultée 5590 fois. | 4432 votes, Moyenne 3/5.0 |
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