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BCM-2501
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Envoyée par : Fidaa Al-Shakfa
Répondue par : Alexandre Viau
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2005-04-10
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Question
#269
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Bonjour,
J'ai une question à poser sur le cours de repliement des protéines:
À la page 8, figure 9-3, je n'ai pas tout à fait saisi comment les deux graphes permettent de dire que c'est bien l'appariement de domaines qui constituent l'étape limitante de repliement. |
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Réponse
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Bonjour Fidaa,
En effet, la figure 9-3 tente d'expliquer grâce à différents tests que le repliement des protéines a comme étape limitante l'appariement de domaines. Voyons comment l'on s'y prend pour le faire.
La partie (A) montre que les méthodes permettant de détecter les propriétés plus "physiques" des enzymes, soit le dichroïsme circulaire et la fluorescence sont les premiers à être recouvert à 100% pendant le repliement d'une protéine. Puisque que les valeurs de ces test ne dépendent que de l'arrangement physique général des différents liens chimiques dans la protéines et qu'ils ne font pas la différence entre une protéine dont les domaines seulement sont repliés et une autre qui a complètement terminer son repliement final (repliement des domaines + isomérisation cis-trans des liens peptidiques des prolines + appariement des domaines) on peut conclure que le repliement des domaines se fait très rapidement, mais on a pas d'information sur les autre étapes, qui ne sont pas évaluable par ces propriétés "physiques".
Par la suite on voit, toujours sur la figure (A), que l'activité de l'enzyme est retrouvée plus lentement lors du repliement. Cela nous indique qu'au moins une des étapes plus "fine" du repliement (isomérisation cis-trans des liens peptidiques prolines ou appariement des domaines) est une étape limitante pour l'obtention d'une protéine totalement repliée et fonctionnelle. Afin de déterminer laquelle de ces deux étapes est la plus lente (donc l'étape limitante) ils ont utilisé deux tests qui permettent de les départager.
La résistance aux protéases dépend principalement de l'isomérisation cis-trans des liens peptidiques des prolines. En effet, une protéine qui a terminé de tout isomériser ces prolines, va redevenir aussi résistante aux protéases qu'elle l'était avant sa dénaturation. Ainsi, mesurer la résistance relative aux protéases nous donne un indice de la vitesse d'isomérisation des liens peptidiques des prolines.
L'activité enzymatique quant à elle dépend de toutes les étapes du repliement, y compris l'appariement des domaines pour obtenir une enzyme complètement active. On utilise donc ce paramètre comme l'indice relatif du degré de réppariement des domaines.
Comme vous pouvez le voir en (B), l'isomérisation des liens peptidiques des prolines (tel que mesuré par la résistance aux protéases) est plus rapide que le regain d'une activité enzymatique (qui dépend de toutes les étapes, y compris l'appariement des domaines). Finalement, pour confirmer le tout, les auteurs ont testé l'effet du glycérol (augmente la viscosité) sur ces deux expériences. On s'attend à ce que le glycérol ralentisse l'appariement des domaines, dû à l'augmentation de viscosité, mais ne devrais pas affecter l'isomérisation des liens peptidiques des prolines, qui n'est pas une étape sensible à la viscosité. C'est exactement ce que l'on remarque dans l'expérience, ce qui confirme que l'étape limitante (la plus lente) du repliement des protéines est bel et bien l'appariement des domaines.
J'espère que ce n'est pas trop compliqué à suivre, bonne chance à tous pour l'examen.
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