| Étudiants | Enseignants | Administrateurs | | Aide | | Banque de Questions/réponses | Envoyer une question | L'équipe des tuteurs | Commentaires |

Espace Étudiants : Banque de Questions/réponses

Sélection actuelle : BCM-2003-B Sélectionner : Toutes les sections BCM - Questions générales BCM-1501-A Section générale- Origine biochimique de la vie BCM-1502 Métabolisme I BCM-1503 Acides nucléiques et génétique 1 BCM-1521 Partie Théorique-Travaux pratiques de biochimie 1 BCM-2501 Protéines BCM-2504 Enzymologie BCM-3514 Régulation de l'expression génique GEN - BIBLIO Recherche Bibliographique Rechercher le mot : ou le # de Question : Il y a 1 éléments répertoriés.  Précédent | 1 | Suivant
BCM-2003-B Envoyée par : Jean-Philippe Laverdure Répondue par : Jean-Philippe Laverdure 2005-03-05 Question #235 Quelques questions d'autres etudiants... Réponse Salut, J'ai plusieurs questions a vous poser: 1)Que designent exactement "Gene Node Height Plot" et "Experiment Node Hight Plot" dans HCL? Il s'agit de graphiques qui presentent la distance des noeuds a la racine des arbres (l'arbre des hybridations et l'arbre des probesets) 2)En demarant KMC (K-means), on demande le nombre de clusters a trouver. J'ai regarde dans le manuel que vous avez fourni et j'ai lu qu'il faut utiliser FOM pour ca. Mais comment recuperer la valeur, je ne le sais pas!!! Je n'ai pas vraiment compris ce qui y a ete explique. FOM genere un graphique presentant une courbe descendante... La valeur du nombre de clusters devrait etre choisie la ou la courbe semble s'applatir. Dans la plupart des cas... la courbe n'atteint pas une pente de 0... C'est donc a vous de determiner ou la courbe est suffisamment applatie pour prendre la valeur sur l'axe des X 3)Si HCL est une methode de clustering, tout comme KMC, pourquoi alors on ne trouve pas avec HCL une presentation d'une liste des clusters (cluster 1, cluster 2 , cluster 3, .....) comme c'est le cas pour KMC? Car il s'agit en fait d'un arbre et non de clusters independants... Si tu cliques sous un noeud de l'arbre, TMeV selectionne les donnees qui se trouvent sous ce noeud... Tu peux alors sauvegarder ces probesets sous forme de cluster a l'aide d'un click-droit. Il y a d'autres manieres de faire ce que tu demandes, lis la documentation de TMeV si tu veux plus de details. 4)Pouvez-vous m'expliquer en details comment recuperer la liste de probsets obtenus avec les algorithmes de clustering. Lorsque tu as obtenu les clusters ou les listes de probesets desires (HCL), Click-droit sur l'image et selectionne "Save cluster". Le contenu du cluster sera exporte dans un fichier texte que tu pourras ensuite modifier dans Excel Informations Question consultée 5602 fois. | 4411 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min max
Précédent | 1 | Suivant

| Accueil | | Banque de Questions/réponses | Envoyer une question | L'équipe des tuteurs | Commentaires |