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BCM-2003-B
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Envoyée par : Véronique Lisi
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2005-03-03
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Question
#230
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Bonjour,
Si on utilise MotifSampler à partir de Toucan, on aimerait des valeurs "sig" de plus de 2 pour avoir un motif vraiment sur représenté. Si on utilise MotifSampler comme programme externe, que doit-on considérer comme une bonne valeur puisqu'on obtient
Consensus score
Information content
Loglikelihood score
comme output.
Merci |
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Réponse
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Je verifie et vous laisserai savoir des que j'aurai quelque chose de pertinent...
Restez a l'ecoute !
UPDATE:
Bon, j'ai bien tente de rejoindre les responsable du serveur web mais sans succes... (De toute facon, j'ai l'impression que la reponse aurait ete tres "subjective")
De plus, les papiers qui accompagnent l'outil ne font pas vraiment mention de criteres de selection...
Donc, je te demanderai de te fier sur le LogLikelyhood score et ne presenter que ceux qui presente un tel score relativement bas. (Disons qu'un log inferieur a -2 pourrait etre juge significatif... ce qui correspondrait a ~ 1/100 chances de trouver le motif par hasard...)
Desole de ne pouvoir t'aider plus que ca... J'ai bien hate de voir la reponse de M. Thijs lorsqu'il me repondra !
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