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Espace Étudiants : Banque de Questions/réponses

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BCM-2003-C Envoyée par : Isabelle Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08 Question #483 Encore des questions! Je n'arrive pas a trouver des motifs dans la litérature pour les kinases. Bien souvent il y a plein de termes compliqués comme (acidophilic, PDZ domain, protein dependant, etc), plusieurs cathégories et on a rien vu de cela a date! Et si je cherche les motifs que Motif-X m'a donné dans PPSP je recoit beaucoup trop de réponses pour chaqu'un.. (je remplace les "." par des X ... donc un motif ressemble a XXXSTXXX ect)--- déja que Motif-X en retourne beaucoup pour la Sérine... Certains autres site web requierent des séquences plus longues que les peptides que nous avons.... Le site web scansite est incomprhénsible et il prend un format de fichier que nous n'avons pas --- j'ai été voir dans le tutorial est voici le genre d'explication qu'on y trouve "The motif found, and thus a predicted interaction. For example, the motif "Fyn_SH2" indicates that a tyrosine residue on the input protein, once phosphorylated, is recognized by the SH2 domain of the kinase Fyn. " Et franchement je n'ai aucune idée où ils ont pêché que Fyn parle de tyrosine ... J'aurais bien aimé avoir vu ces choes en cours... j'ai aucune idée de ce que je suis en train de faire. : ( Toute ce paragraph sur les motifs m'échappe et la remise est bientot--- Réponse Voila deux sites qui peuvent vous aider pour associer les motis aux kinases: http://www.hprd.org/serine_motifs http://pred.ngri.re.kr/consensus_sequence_ref.htm Il est normal que PPSP retourne beaucoup de résultats. Je veux ici que vous discuter de la spécificité des motifs et de l'outil pour les différentes classes de kinases. Les outils de prédiction de site de phosphorylation travail sur les séquences protéiques et non de simple peptides. Il faut alors comparer la position du site de phosphorylation dans la séquence avec celle du peptide. Il y a un pep start / stop dans le fichier csv pour cela. Il n'est pas nécessaire de faire des prédictions pour tous les peptides mais plus de se faire une opinion sur la sensibilité/spécicité. Pour Scansite, la prédiction peut être démarer ici: Motif Scan Scan a Protein by Input Sequence La séquence complète de la protéine est nécessaire. Informations Question consultée 5714 fois. | 4512 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min max
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