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BCM-2003-C
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Envoyée par : Isabelle
Répondue par : Mathieu Courcelles
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2008-04-07
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Question
#481
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Bonjour encore,
je veux calculer les phosphoprotéines mais j'ai oublié ou cette information est écrite. Je asis que la colonne 15 indique quels peptides sont phosphorilés mais j'imagine qu'une protéine peut etre phosphorilé sans que touts ces peptides ne le soient. Il y a la colonne 3 qui a "phospho_long" d'écrit mais je ne sais pas si cette information veut dire quelquechose.
ceci m'amène vers une autre question, quand nous avons calculer le taux de faux positifs dans le TP nous avons fait le quotien des r-IPI avec les IPI mais ceux-ci doivent ils avoir des peptides uniques ou non? Je crois bien que nous n'avons pas fait de recherche de peptides uniques avant de faire ce calcul... |
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Réponse
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Ici ont doit calculer les phosphoprotéines et phosphopeptides IDENTIFIÉES distinctes. Alors il faut utiliser l'information dans la colonne modification pour filtrer les phosphopeptides.
Pour le calcul des faux positifs, on utilise toutes les identifactions que Mascot nous retourne.
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