Envoyé par : dévice djomo
Répondu par : Jean-Christophe Grenier
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2009-02-11 |
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bonjour,
j'aimerais savoir si nous devons utiliser la fonction gamma et éliminer les caratères non informatives pour le calcul du bootstrap. Merci |
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Oui, comme dit dans l'un de mes mails, il s'agit de remplir les informations de la diapositive #14 avec deux colonnes de plus, donc avec GTR+Gamma et GTR+GAMMA+ Enlever non-informatifs pour le jeu mitochondrial. Il s'agit donc de faire 8 arbres de bootstrap en tout.
Puisque vous deviez faire également un test avec le jeu contenant seulement le Zinc finger avec le modèle GTR, il serait bien de comparer cet arbre avec les deux autres (CYTb , Mito). Pour que le bootstrap fonctionne convenablement pour le fichier n_1gene, je vous conseille d'enlever les séquences vides (contenant seulement des N). De cette façon, vous n'aurez plus (ou presque plus) de message d'erreur concernant la reconstruction. |
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