Envoyé par : Étudiant(e) Bioinformatique
Répondu par : Béatrice Roure
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2008-02-12 |
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Comment obtenir la taille des arbres inférés et la vraisemblance totale par la méthode de maximum de vraisemblance, par paup et phyml ? (la commande Describetrees ne fournit pas l'information dans paup)
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Bonjour,
Si Describetrees ne donne pas la vraisemblance (likelihood en anglais), c'est que l'inférence n'a pas été faite par maximum de vraisemblance (le type d'inférence est affiché dans le résultat de describetrees). Pour afficher la taille de l'arbre, il faut la demander à PAUP en fournissant le bon paramètre à la commande describetrees, il s'agit de brlen (voir l'aide en ligne) Pour PhyML, les résultats sont dans les fichiers de sortie Béatrice |
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