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BCM-2003-B
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Envoyée par : Jean-Philippe Laverdure
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2005-03-04
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Question
#232
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Un etudiant a pose la question suivante face au devoir 3:
Est-ce que tu pourrais donner plus de détails comment procéder à l'étape 6 et 7. Merci
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Réponse
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Tu peux recuperer les sequences genomiques correspondant au promoteurs des genes de tes clusters par plusieurs moyens...
Je t'en propose deux qui sont relativement faciles (tres facile dans le cas de Promoser!)
Pour des details sur Toucan, je t'encourage a lire le Tutoriel numero 1 sur le site.
(Un commentaire cependant, si tu utilises Toucan, Emploie les nuneros d'accession ENSEMBL... ca fonctionne mieux)
Pour Promoser, je crois que n'importe qui peut l'utiliser les yeux fermes! (Promoser ne prends que des numeros d'accession GenBank en entree)
Sinon, les genome Browser ENSEMBL et celui de UCSC peuvent egalement te permettre de recuperer ces sequences.
A toi de choisir la methode qui te convient le mieux.
Pour ce qui est de l'etape 7, Le but est vraiment de vous laisser carte blanche face a la methode d'analyse des sequences promotrices. On vous demande de mettre a profit vos connaissances actuelles en bioinformatique !
En gros , tu devrais tenter de mettre en evidence des motifs conserves entres les differentes sequences promotrice.
Tu peux fonctionner par alignement de sequences (qule algorithme choisirais-tu ? avec quels parametres ?) ou chercher la presence de sites d'attache de facteurs de transcription connus, ou de motifs inconnus mais sur-representes...
Le but ici est de tenter de trouver une explication a la correlation observee des patron d'expression de certains genes...
Se pourrait-il qu'ils soient co-regules par le biais d'un facteur de transcription commun ? Il s'agirait la d'une explication tres elegante !
Tu peux utiliser Toucan pour faire toute l'analyse mais son interface n'est pas toujours tres "responsive" comme disent les anglais... Cependant, Toucan fait appel a des serveurs webs pour effectuer les traitements. Tu pourrais donc utiliser ces serveurs webs de facon independante (par exemple, tu peux trouver motifscanner ici: http://www.esat.kuleuven.ac.be/~thijs/Work/MotifScanner.html)
Je te rappelle cependant que trouver quelque chose de "hot" est tres difficile ! C'est pourquoi la correction portera plus sur l'analyse de ta demarche et des choix (eclaires je l'espere) que tu prendras pour tenter de mettre en evidence ces motifs.
Si tu as d'autres questions, ne te genes pas ou viens me recontrer.
Je serai disponible toute la semaine.
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