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BCM -
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Envoyée par : Etudiant(e) Sciences biologiques
Répondue par : Marieke Rozendaal
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2010-10-18
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Question
#568
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Bonjour, j'ai le cours de biochimie 1531 et j'aurais quelques questions!
1-Comment fait-on pour reconnaître une structure en D ou L? (autant chez les protéines que les glucides..) aussi pour les glucides, j'ai vu quelque fois qu'il y avait un N dans la nomenclature...D'où vient-il?
2-Chez les acides aminés, je sais que la différence entre Cis et TRans réside entre si le groupement se trouve sur chaque côté ou non, mais quel est ce groupe chez les acides aminés, puisque dans mes notes c'est écrit R1 ou R2...
3-Comment fait-on, lorsqu'on a une chaîne latérale, pour reconnaître la conformation Cis ou Trans ainsi que de trouver de quelle aa il s'agit? Même chose pour le feuillet plissé (si c'est Cis ou TRans..)
4-Les angles dihèdres servent-il uniquement à savoir dans quel sens le Ca va tourner?
5-Quelle est la différence structurale entre une structure hydrophobe et hydrophile?(comment on les reconnait en voyant leur structure..) Voilà! Pour le moment c'est tout Merci d'Avance au tuteur qui me répondra:
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Réponse
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1-
Un sucre est dit D quand, sur la représentation de Fischer, avec le carbone le plus oxydé situé en haut, l'hydroxyle porté par le carbone asymétrique d'indice le plus élevé est écrit à droite. L'énantiomère sera L et portera le OH équivalent à gauche, en conséquence.
Un acide aminé sera dit D quand, sur la représentation de Fischer, le groupe amino est écrit à droite et L quand le NH2 est à gauche.
Pour ce qu'il est des N dans la monenclature des sucres, je pense que tu parles des sucres amines. Ici, un hydroxyle d'alcool est remplacé par une amine primaire. Cette amine des sucres aminés est souvent acétylé, dans la nomenclature écrit comme N-acétyl- (exemple N-acétylglucosamine).
2-
R représente la chaine latérale de chaque acide aminé. Quand on parle de conformation cis ou trans, il s'agit d'un lien peptique (liaison entre deux acides aminés). R1 représente la chaîne latérale du premier acide aminé, R3, celle du deuxième, etc.
3-
Comme pour la 2e question: la conformation cis ou trans concerne le lien peptique, et est déterminé par le positionnement de la chaîne latérale (même coté ou opposé). Pour savoir de quel aa il s'agit... faut apprendre les chaînes latérales par coeur!
Je ne comprends pas la partie de la question concernant le feuillet plissé....
4-
Les angles dihèdres permettent une flexibilité dans la conformation tridimensionnelle de la protéine. La rotation est limitée par la collision entre des atomes de la chaîne principale et de la chaîne latérale de résidus adjacents.
5-
Hydrophobe = non-polair. Donc des structures incapables de former des ponts hydrogène. (Peuvent êtres formés entre:
O de OH ou =O et H de H2O/OH
N de NH et H de H2O/OH/NH)
Hydrophile = polaire, pouvant former des ponts hydrogène.
J'espère c'est plus clair comme ça, sinon, n'hésites pas!
Bonne chance,
Marieke.
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