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BCM-2003-A
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Envoyée par : Patrick
Répondue par : Jean-Christophe Grenier
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2009-02-09
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Question
#504
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Bonjour !
Quand je fais un bootstrap, je sauve mon arbre en format phylip de la facon suivante :
> bootstrap search=nj brlens=yes treefile=save1 format=phylip
dans le log de l'operation, je vois bien le pourcentage dans les noeuds, mais lorsque je visionne mon arbre dans njplot, je n'ai pas acces aux pourcentages du bootstrap et donc je ne peux les inclure dans le rapport a part en format log. Existe t'il une facon de le visionner, soit avec un autre programme soit avec njplot ?
Merci !
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Réponse
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J'ai bien peur que non malheureusement. La seule façon de pouvoir visionner les arbres de bootstrap sont bel et bien seulement via le log. Il faudra donc insérer ces arbres dans le rapport. Bien vous rappeler cependant que le test de bootstrap ne cherche pas à inférer une topologie, mais bien à apporter un support statistique aux noeuds pour l'inférence faite avec les mêmes paramètres.
Ex : un bootstrap fait avec la méthode de distance avec le modèle p va chercher à émettre un support statistique pour les noeuds de l'arbre inféré par la méthode de distance avec le modèle p.
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