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Espace Étudiants : Banque de Questions/réponses

 

Sélection actuelle : BCM-2003-C

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BCM-2003-C Envoyée par : Étudiant(e) Bioinformatique Répondue par : Mathieu Courcelles 2008-04-08
Question
#484
Bonjour,

Il est possible avec Motif-X de fournir des séquences au fomat FASTA non aligées ou des séquences préalignées si je comprends bien. Est-ce qu'on doit fournir la liste des peptides brutes de fonderie ou alors préciser la position des aa dans les peptides qui sont phosphorylés?

Merci
Réponse Dans le cours on obtient une liste de petides par MSMS alors il faut donc choisir cette option et indiquer la db de rat. Motif-X se chagera pour nous de compléter le peptide pour avoir une longeur de 13 aa en centrant le site de phosphorylation au centre. Motif-X supporte aussi les données dans le format FASTA et aussi des peptides où on a préalignés le résidu au centre de la séquence.

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