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BCM-2003-B
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Envoyée par : Wang Jing
Répondue par : Jean-Philippe Laverdure
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2006-03-10
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Question
#340
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La question #254 dans la banque des questions semble revenir ici......
En fait, sur la notes du cours, vous avez mentionné que la méthode ANOVA a une meilleure performance lorsque le nombre de réplicats est FAIBLE. Mais dans la réponse de la question #254, on dit que l'ANOVA fonctionne parfaitement bien avec un nombre eleve de replicats...
Je suis d'accord avec le fait qu'une bonne etude en microarray necessitait un nombre important de replicats, tant biologiques que techniques. Alors dans le fond, cette méthode performante mieux avec plus de réplicats ou moins, et pourquoi?
Merci! |
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Réponse
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En fait, cette diapo presente une mauvaise mise en forme et devrait etre corrigee (voire carrement eliminee)...
Ce que l'on y mentionne est le fait si le nombre de replicats est faible, une estimation de la variance du niveau d'expression des replicats de ces genes (utilise par le test de T et l'ANOVA) devient problematique.
La facon d'y remedier est donc d'appliquer une estimation de la variance en employant un ensemble de genes presentant des niveaux d'expression similaires. (on parle alors de "group wide estimation of variance intensity")
En soi, tu peux faire abstraction de tout cela puisque ce n'est pas le genre de manipulations que TMeV te permettrait de faire... Faudrait aller dans un package un peu plus "beefy" comme R...
J'espere que ca aide.
JP
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