|
BCM-2003-A
|
Envoyée par : amelie ouellet
Répondue par : Béatrice Roure
|
2006-02-20
|
Question
#336
|
Concernant les paramètres alpha utilisés lors du tp 2d : on a utilisé une valeur = 4 comme coefficient de variation. Donc le paramètre alpha était de 1/16 = 0.0625.
Toutefois, en comparant les résultats obtenus avec phyml, on obtient une valeur d'un autre ordre (.717 et .619). Si je ne me trompe pas, ces paramètres indiquent que les nucléotides varient moins que dans le premier cas ?
Mes calculs sont-ils exacts? |
|
Réponse
|
Attention a bien lire l'information donnee dans dnadist : la valeur fournie, 4, est egale 1/racine caree(alpha), soit alpha = 0.5.
Le parametre alpha defini la forme de la distribution gamma (voir courbes sur la diapositive 18 de la partie 1du cours de la seance 3). Comme on peut le voir sur ces courbes, plus la valeur de alpha est petite, le nombre de sites avec une vitesse d'evolution faible est grand
Le calcul de alpha par phyml est soumis aux donnees et parametres utilises pour faire l'inference, cette valeur peut donc varier selon les conditions de l'inference
|
| Informations |
Question consultée 5401 fois. | 4260 votes, Moyenne 3/5.0 | À vous de voter => min      max |
|
Étudiants
