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BCM-2003-A
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Envoyée par : Slim
Répondue par : Béatrice Roure
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2006-01-31
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Question
#334
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Bonjour, j'aurais besoin de quelques précisions concernant la méthode de bootstrap. Nous devons utiliser cette méthode pour determiner l'arbre consensus majoritaire a partir d'une série de 10 arbres non racinés qui connecte 7 espéces différentes (conferer devoir2b pour illustration).
Deux questions se posent alors :
1) La fréquence des bipartions de chaque arbres doit être déterminer; mais doit on se limiter a faire des partitions avec deux et trois especes dedans ou doit on egalement considerer les partitions avec 4 et 5 elements. Si c'est le deuxime cas qui est corret, au sein d'une partition doit distinguer les couples d'especes. Je m'explique: une partition de 4 especes A, B, C et D, ou les especes A et B appartiennent a une branche distincte d'un branche reliant C et D; doit elle etre considerer comme une partion avec les couples (A,B) et (C;D) (qui serait different d'une partition (A,C) et (B,D)) ou comme un ensemble ou les couples des especes n'a aucune importance.
2) Boostrap choisi de facon arbitraire une partition s'il arrive a une etape ou plusieurs partitions peuvent etre utiliser et ayant la meme frequence. Est ce que nous devons choisir egalement une partition sans justifier notre choix dans le devoir, ou au contraire choisir une partition parmi l'ensemble ayant la meme frequence permettant d'obtenir l'arbre consensus majoritaire ayant les partitions les plus frequentes ?
A vrai dire j'ai lu la question #202 mais l'exemple qui y est donne ne m'aide pas beaucoup car on sait que si on a une partition de 3 especes il existe un seul arbre non racine pouvant les regroupes (je suppose que la reponse que vous avez donne concernait des arbres racines). Or avec des partitions de 4 ou 5 especes il existe respectivement 3 et 15 arbres non racines pouvant les rejoindres; donc je considere que les couples ont une grande importance. il y a une reel difference entre realiser des bipartitions dans des arbres non racines et des arbres racines. J'espere donc que pourrait me fournir une reponse concernant les arbres non racines.
Merci d'avance
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Réponse
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1) Par définition, une bipartition subdivise un arbre en 2 sous-arbres. Il ne faut pas oublier que les 2 partitions ainsi formées sont complémentaires. La bipartition ((A,B),(C,D)) est effectivement différente de la bipartition ((A,C),(B,D)).
2) Le test du bootstrap est un test statistique qui doit donc normalement se faire sur de grands échantillons. Pour une question évidente de faisabilité manuelle, seuls 10 arbres sont donnés dans l'exercice.
De manière générale en sciences, il faut toujours justifier ses choix ... quand cela est possible. A vous de choisir la meilleure solution.
La question #202, n'est effectivement d'aucune aide pour pour résoudre l'exercice
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