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BCM-2504
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Envoyée par : Étudiant(e) Biochimie
Répondue par : Martin Audet
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2006-01-22
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Question
#332
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Bonjours,
j'ai des questions a concernat la partie introduction a l'enzymologie
Q1:qu’est ce que ca veut dire de la mobilité conformationelle ?
Q2 :c’est quoi un abzyme ?je ne comprends pas sa fonction.
Q3 : est ce qu’un ribozyme hydrolyse aussi des protéines ?
Q4 : pouvez vous m’expliquer c’est quoi la spécificité pour un groupe chimique et spécificité absolue ou presque absolu ?
Q5 :c’est quoi la stéréospécificité ?et est ce que il faut avoir un centre asymétrique dans le substrat parceque dans le paragraphe qui suit « prochiralite » c’est écrit Q6 : c’est quoi un isozyme ?dans les notes c’est ecrit il veut dire quoi avec la même espèce ?espèce ici veut dire les enzymes ?
Q7:c’est quoi la conformation contraintes et non contraintes et pouvez vous m’expliquer un peu la catlyse par stabilisation a l’état de transition ? et pour les formules est ce que il faut les retenir ?
merci de me repondre.
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Réponse
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Q1) La mobilité conformationelle, ça veut dire que la conformation (la forme) d’une enzyme n’est pas fixe comme du béton. En fait, elle est plutôt flexible légèrement ou même changer de forme par endroit.
Q2-3) L’abzyme est un anticorps est le ribozyme est un fragment d’ARN. Les deux ont la propriété de catalyser des réactions chimiques d’hydrolyse. Le ribozyme cible l’ARN et des protéines tandis que le champ d’action de l’abzyme est beaucoup plus vaste. Si tu veux avoir plus d’information à ce sujet, consulte ce site WEB :
http://www.utc.fr/~friboule/abzymea.htm
Q4) La spécificité d’un enzyme pour un substrat est la préférence que va avoir l’enzyme pour le choix de son substrat. Admettons que l’on découvre un enzyme qui est capable de catalyser une réaction sur toutes les molécules de l’univers, elle n’aurait donc aucune spécificité envers une molécule (substrat) en particulier. À l’autre extrême, il y a des enzymes très capricieuses qui ont une action catalytique sur seulement quelques molécules. On dit alors que la spécificité de l’enzyme est absolue ou presque qu’absolue. Entre les deux, il y a des enzymes qui reconnaissent des types de liens ou de groupements chimiques en particulier indépendamment de la composition du reste du substrat. On dit alors que ces enzymes on une spécificité de liaison ou de groupement chimique.
Q5) Si lors d’une réaction chimique, les produits de la réaction peuvent théoriquement adopter plusieurs formes stéréochimiques (stéréoisomères : comme deux énantiomères), mais que seulement l’une d’elle prédomine, la réaction est stéréosélective (Seyhan Ege, Organic Chemistry p.291). Certaines enzymes catalysent une réaction chimique dont une seule forme stéréochimique est présente dans les produits de la réaction comme les déhydrogénases NAD+ et NADP+. Dans ce cas, c’est l’orientation du substrat dans site de liaison qui fera en sorte que l’hydrogène ira se fixer toujours du même bord sur le substrat (regarde le schéma de la p.6 des notes de cour). Ainsi, la réaction enzymatique va favoriser l’apparition d’un stéréoisomère au lieu de donner un mélange racémique.
La prochiralité est une propriété d’un atome non-chiral sur une molécule, ou d’une molécule entièrement non-chirale lorsque ces derniers ont le potentiel de devenir chiraux par une réaction chimique simple (IUPAC compendium of chemical terminology, 1997). Prend l’exemple d’un centre assymétrique introduit sur un atome de carbone par une réaction enzymatique. On dit que cet atome de carbone est prochirale. D’ailleurs, dans cet exemple, la réaction enzymatique devra donc être stéréosélective.
Q6) Un enzyme A qui catalyse la même réaction qu’un enzyme B mais dont la séquence est différente est appelé un isozyme.
Une espèce est définie comme une population d’individu qui peuvent s’accoupler et générer une progéniture comme les chats par exemple. Un siamois peut avoir un enzyme A qui catalyse la même réaction qu’un enzyme B de séquence différente retrouvé chez un main coon. L’enzyme A et B seront des isozymes.
Q7) Un substrat libre peut généralement adopter plusieurs formes (conformations non contraintes) qui seront en équilibre l’une avec l’autre en solution. Lorsque le substrat entre dans le site actif d’un enzyme, les interactions avec ce dernier vont fixer le substrat dans une forme particulière (contraindre la conformation).
L’état de transition d’un substrat est une conformation de haute énergie, pas très stable et donc souvent défavorable et improbable mais qui est obligatoire pour la réalisation d’une réaction chimique. Mais une fois que le substrat a atteint cet état, il va se transformer en produit toujours avec la même fréquence à température constante (unité = quelque chose par seconde).
v = kT/h
Ainsi, la quantité de substrat (mole) à l’état de transition en un instant donnée détermine la vitesse de la réaction chimique (mole par seconde).
v x S++ = vitesse de la réaction
Ce qui détermine la proportion de substrat à l’état de transition versus le substrat à l’état initial c’est la différence d’énergie entre les 2 états. Plus l’écart énergétique est petit, plus il y a de substrat à l’état de transition. Si un enzyme est capable de lier et stabiliser son substrat à l’état de transition, la différence d’énergie entre l’état de base et l’état de transition sera diminuée. En effet, ce sera plus facile pour le substrat de se rendre à l’état de transition. Globalement, il y aura plus de substrat dans cet état et la vitesse de la réaction sera augmentée. Étudie attentivement les équations des p.8 à 15 dans les notes de cours. Essaie de nommer chaque symbole utilisé. Ensuite, essaie de nommer quel phénomène décrit chaque équation ou partie d’équation. Puis essaie de comprendre les solutions. Tu vas voir, c’est juste une question de substitution de termes. Le plus facile est de prendre un crayon et de noter tous tes idées vis-à-vis chaque équation.
Bonne chance
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