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BCM-2501
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Envoyée par : Étudiant(e) Biochimie
Répondue par : Martin Audet
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2006-01-19
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Question
#331
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Bonjour,
comment distinguer une torsion a droite d'une torsion a gauche?
et aussi pour le type 1 et type 2 de boucle B
et entre g- et g+ et trans
dans les notes de cour partie conformation des proteines a la page 13elle par de liaison t/t et g-/g- mais on voit pas la liaison sur les schema et peut m'expliquer c'est quoi exactement g-/g-?
merci de me repondre. |
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Réponse
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Bonjour,
Une torsion droite respecte la règle de la main droite. Imagine le feuillet béta à la p.4 des notes de cour du 17 janvier partie A. Place ta main droite dans le sens de propagation des brins béta (avec tes doigts parallèles aux brins) constituant le feuillet comme si tu voulais le tenir dans le creux de ta main. Pour suivre la surface du feuillet avec ta main, tu devras tourner le poignet dans le sens des aiguilles d’une montre. À la limite, quand ton poignet et ton avant bras ne pourront plus tourner, les doigts de ta main droite auront alors tendance naturellement à se fermer dans ta paume. C’est ce qu’on appelle une conformation droite. Essaie avec ta main gauche et je te garantie que ça ne fonctionnera pas.
La différence entre les boucles béta de type 1 et 2 ce sont les angles phi et psi qu’adoptent les acides aminés aux positions 2 et 3 selon le schéma des notes de cour du 17 janvier partie A à la p.7. Examine bien les deux boucles et tu devrais trouver une différence visuelle notamment dans la position des atomes constituant les résidus 2 et 3.
Les conformations des chaînes latérales des acides aminées peuvent être définies selon le positionnement des groupements chimiques attachés au carbone béta par rapport au NH et au CO, en regardant la liaison Calpha/Cbéta qui pointe vers toi. La p.12 des notes du 17 janvier partie A 1ere figure montre cette projection (de Newman). Les terme g et t sont une nomenclature pour indiquer la position des groupements liés au Cbéta par rapport à la chaîne principale dans cette projection (prend garde à la valine car sa nomenclature diffère des autres acides aminées). Signes + et – indique que cette position est favorable ou défavorable énergétiquement.
Ainsi, à la p.13, les signes g et t indiquent les conformations (selon la nomenclature de la projection de Newman) qu’adoptent les chaînes latérales des résidus aux positions spécifiés. Ainsi, g-/g- veut dire que les résidus qui se font face à cette position ont chacune une conformation g-. Cependant, ce n’est pas tous les résidus qui vont être à toutes les positions. Les paires de résidus que l’on peut retrouver à chaque position sont décrites dans les diapositives suivantes. Aussi, leur chaînes latérales, puisqu’elles se font face, vont interagir entre elles. Les types d’interactions sont aussi décrits dans les diapos suivantes (Van der wall, pont disulfure, pont H).
Bonne journée
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